黄金城原是古代人所创造要防制地面的要塞，後来古代人在一次大战中因各种最终武器的使用，使得整个世界趋於毁灭，而大多数的古代人都死了，少部份则逃到外太空去了！！！
空魔神和悠妮则是这黄金城的两大指挥官，空魔神负责战斗方面的事，悠妮则负责行政之事宜。当时古代人开战时下令黄金城以其最终武器毁灭该地区所有生命体，但稍後似有微弱的讯息通知黄金城终止一切行动并进入睡眠的状态……
就这样直到不久前，不明的原因使得他们醒来，空魔神认为是地面上的生命体所为并执意要执行以前未完成的命令－－毁灭该地区所有生命体。而悠妮反对则如此的决策。
悠妮认为战争已经过去了……最後将一制成最终武器的一个要件丢到地面上，而自己也跌落到地面上……於是乎遇到了主角，产生了这趟冒险之旅……
游戏一开始就给玩家留下了疑问：机器人盖亚，一个和机器人一同被冲到海边的女孩悠妮，究竟从哪里来？究竟能从哪里来？悠妮的真实身份是什么？而男主角罗特帝亚王国的继承人索尔，立即做出了和大部分玩家同样的判断：某国公主。为了送这位“公主”回家，冒险展开了。很快发现悠妮并非公主，这下头大了，一个普通的失忆女孩？在不断的挑战中实力逐渐增强，同伴也越来越多，最后才真相大白——如果没进隐藏关，仍会留下一些疑惑。玩家们只得千方百计，努力将“天空之钥”的配件收齐，揭开“黄金城之谜”。
黄金城原是古代人所创造要防制地面的要塞，后来古代人在一次大战中因各种最终武器的使用，使得整个世界趋於毁灭，而大多数的古代人都死了，少部份则逃到外太空去了！黄金城的出现多和重大的灾难有关，从它上面发出的金光和火焰可以毁灭整座城市，被称作是“神谴”。
事实上，悠妮并不是一个普通的“人”，她和最终Boss空魔神并称为黄金城堡的“中枢”的两大指挥官，具有永生的能力。空魔神负责战斗方面的事，悠妮则负责行政之事宜。当时古代人开战时下令黄金城以其最终武器毁灭该地区所有生命体，但稍後似有微弱的讯息通知黄金城终止一切行动并进入睡眠的状态。某日因不明原因而使得他们醒来，发现地表上有了生命的迹象。空魔神执意要按照沉睡前接受的未完成的命令，实行“审判之炎”毁灭该地区所有生命体。悠妮认为战争已经过去了，就坚决地反对空魔神的做法。在二人争夺至关重要的计算机单元晶片时，悠妮从黄金城掉落地面上……于是遇到了主角，产生了这趟冒险之旅……
在游戏过程中历尽千辛万苦，收集完五颗魔眼宝石炼出“天空之钥”后，开启天空之轮，进入黄金城。再经过一番苦斗，击败第一空中堡垒的地面监视和武器使用中枢——ASR－06空魔神之后，身为第一空中堡垒控制和维持中枢的ASR－07的悠妮，在最后割舍了与索尔之间的情愫，激活了黄金城的次元跳跃程序，使反应炉倒转，让黄金城飞向了异次元，并以所有的力量，施展足以穿越时空的终极传送术，将索尔等一行人送返马拉大陆，而自己与黄金城永远的漂流于异次元之中。
在飘浮于另一个时空的黄金城里，悠妮在休眠舱里沉睡着……等待着她的是另一段长久的沉眠，连她也不知道自己何时会醒来。但她相信，三千年也好，三万年也好，她一定会再和那个叫索尔的年轻人在梦中相聚，她相信这样就足够了……在亚克斯王国宫廷中盛大的庆祝宴会结束之后，离别的时刻终于来到了，昔日的战友们自此将互道珍重，各奔前程。在往日的回忆中，在未来的岁月里，或许很难有再相见的机会，但这段冒险的回忆仍会长存在每个人心里……
《炎龙骑士团Ⅱ》的结局虽然不是生离死别，女主角悠妮的长眠或许比死亡要幸运得多，然而她却真的该为此感到满足吗？永远不会再度醒来的沉睡，和死亡又有什么区别？拒绝生命的黄金堡垒、沉闷混浊的异次元空间又和冰冷黑暗的地下坟墓有何不同？
《炎龙骑士团Ⅱ》的高潮戏无疑是放在故事的结尾之处：顾全大局的女主角悠妮，毅然割舍儿女情长，决心自我牺牲，让深爱她的男主角索尔以及战友们一时间都肝肠寸断，当然也包括电脑前屏住呼吸全力聆听故事对白的我。原本心心相印的恋人，却因为命运的无情捉弄而最终无法走在一起，短短的几句离别之语却道尽了万千的不舍。那些尚流传在风中，描绘着美好明天的故事还有谁能够去向世人讲述？象征死亡的黄金城堡正载着心爱之人缓缓隐入虚无，空中只留下她最后缥缈如烟的阔别之声。“再见了……我会永远记得你的！”这样一来，给人心灵的强烈冲击就体现得淋漓尽致。生死往往只在一线间，悠妮活着，以失去意识与思维为代价换取生命的继续。然而这样的活着，真的有意义吗？
难道这就是“我一定要将你平安送回家”这样一句简单而真挚的承诺的最终结果吗？如果早知这样，我宁可放弃誓言永远不要揭开事实的真相，只是自私地把心爱之人留在身边。忘掉那些人神之争，忘掉那座死亡的堡垒，这一刻只做一对平凡的恋人。悠妮曾经在太空中陪伴着那座黄金城堡沉睡过三万年之久，短暂的苏醒与幸福过后她将再次步入死亡般的长眠。没有亲人、没有朋友、陪伴在她身边的始终只有那座被世人誉为“死神”的黄金之城。红颜薄命。花一样的年华，花一般的美丽，也如花一样的脆弱。短短一瞬间的绽放……只要风儿轻轻一吹，花瓣也许就会无情地飞谢吧？
当悠妮无奈与感激，欣慰与释然的泪水化做黄金城的余辉在苍穹间刻下永恒的伤感，索尔和玩家心里都是难忘的失落。回忆起这个结局，我就会想起《幻想三国志2》里的开场白：看着你背影，我已得到幸福！那我呢？没有你，我又如何能幸福？一年、两年、三年；十年、百年、千年……即使用永恒的时间来等待，我也想再见你一面……
另外提一下，若玩家没有达成天空之钥的条件而无法启动天空之轮，就没有进入黄金城的隐藏关。结局变为悠妮孤身一人进了黄金城，这座古代堡垒被永远封存在另一个时空……黄金城之谜将成为永远也解不开的谜！