事情是怎样一步一步超出掌控, 发展到今天这样的局面的呢？
……
「工藤新一」不太想回忆那时候的感受。
他总是在各种无法避开的案件中奔波，生活从未平静，就像是虚构作品的主角一样, 身边发生着各种精彩的事件，将他推上名侦探的位置。
但这个“名侦探”，却有一个永远也说不出口的真相，有完全无法反抗的设定——或许称之为命运。
反抗既定的命运, 就是「工藤新一」想要做到的事情。所以在案件结束、凶手反杀时，他没有躲避。
即使做了心理准备，他也并没有体验到死亡的感觉, 像是睡了一觉，醒来时他不再是工藤新一，而成为了黑衣组织的Boss。
那时候的时间线太早, 工藤新一还没有出生，甚至连工藤优作的年纪都并不大。
而他的反抗也只成功了一半。
不用再被迫走剧情、卷入案件，只有身上会招来杀人案的奇怪体质在工作着、在提醒他。
于是「工藤新一」只是避开人群, 对组织的事情抱着随便的态度, 结果却被身为主角的自己反杀了。
没有了主角那么严密的控制, 他也必须遵守反派一定会被打败的命运。
不过没关系，他是个bug，时间线回到了他刚醒来的时候。
「工藤新一」开始仔细观察着故事线的进展，他发现了Gin给工藤新一灌药的环节，当场打电话要求Gin直接杀掉他。
Gin照做了, 于是时间线再一次重启。
所有重要人物的命运改变, 都会导致整个世界重启。他花了数次循环的时间, 将整个故事线和重要人物都整理了一遍。
这个世界分为四条故事线, 第一条是黑衣组织, 第二条是世良一家，包括后来的赤井和留在组织的宫野，第三条是主角工藤新一，第四条则是警校组。
在这四条故事线中，「工藤新一」尝试着用自己bug的身份去施加影响，他很快发现一切故事都是以第一次的故事线进展的。
只要在故事开始前，也就是工藤新一被琴酒一棍子敲晕、然后喝药变小之前，他所做的事情，不影响故事主线的进展，就可以继续下去，不用重启循环。
「工藤新一」开始了自己的尝试，首先是改变自己身为黑衣组织的Boss所致力于的实验——永生。
一遍又一遍的尝试，去钻故事主线里的逻辑空子，利用现在作为黑衣组织Boss的身份、将自己作为bug的影响一点点扩大。
说不清多少次轮回，他终于抢在宫野一家加入之前，中途改变了组织的实验方向，只有他本人和贝尔摩德一直保持着容貌不老，而雪莉/宫野志保成为了第一个从主线里脱离的重要人物。
是很重大的进步，但是脱离了黑衣组织Boss的身份，很难钻到逻辑上的漏洞、在主线开始前对其他故事线做出合理影响。
于是新的实验方向，完全由「工藤新一」本人掌控的实验方向，成为了唯一的突破口。
他启动了黑泽千遥作为实验体的那个实验。
以本世界的科学水平，是没办法真的造人的。但是可以通过世界对于科学设定的bug，造出完美的身体——并不包括铸造出「灵魂」。
所以，这个组织全力投入的实验，拥有着成熟的技术，借由高等级干部和Boss本人的基因，成功造就了数名实验体。
最终却都只是一具具在培养舱的营养液之中漂浮着的「活尸」，有呼吸、有心跳，唯独不会醒来，不会思考，更不会说话和交谈。
直到有一天，代号为402的实验体，在被从岛上运送往东京的实验室后，从培养舱中醒来。
她成为了这个实验，唯一成功的实验体。
这个「成功」的定义，是指「工藤新一」花费无数人力物力，推动这个实验的目的已经达到了。
——捕捉来自异世界的灵魂。
所以，从一开始，「工藤新一」就知道她不是这个世界的人。
他说不清楚自己等待了多少个这样的循环，对于时间的概念早就已经模糊，而其他故事线的推进依然成效甚微。
而他原本也就并不确定，这个实验到底有没有成功的可能性。
而「工藤新一」呆在反派角色的位置上，扮演着和他本人割裂的人设——他感觉自己快要迷失了。
被关在一个人的世界里，永远都是一个人。
自己做的事情真的是有意义的吗？
好想要到他们的世界里去，好想变得普通，好想不知道这些事情，好想不做那个bug……
在迷失之前，他的「希望」出现了。
……
紧接着，他开始确认这个灵魂的身份。
「工藤新一」派出了Gin训练她，每天最期待的事情，就是从Gin那里收到关于训练进程的汇报，听Gin对于她的评价和描述。
作为组织的top killer，Gin看人的水准是一流的，除了世界会为了剧情限制，在看红方卧底的时候给Gin强行降智以外，他的评价显然是绝对值得信任的。
而Gin给出的评价是：又蠢又莽，但还算听话，也很努力。
于是，经过一段时间的观察，「工藤新一」发现了不对劲。
这个灵魂之前应该是一个普通人才对，怎么会对自己实验体和杀手的身份接受得这么快？这一点有些太过矛盾了。
直到她可以拿到代号的时候，说想要成为Jacky，想要做杜松子酒。