之后，晓组织彻底沉寂，一众骨干力量死的死，散的散。
得知这一情报的他还颇有些遗憾，觉得晓组织灭亡的太快了，没能给半藏多找点麻烦。
不过考虑到半藏的强大，他对这个情报并没有生疑，随后便放弃了对晓组织的关注。
然而世事难料，他怎么也没有想到当初被他算计的那个组织，竟会浴火重生，不仅再次登上了忍界的舞台，更是成为了令五大忍村都战栗不已的恐怖存在。
而经历了草之国大战，确认长门和小南这两个晓组织余孽的身份后，他意识到自己的麻烦大了！
当初那场针对晓组织的伏杀，可是他和半藏一起策划的，他在里面扮演了什么角色，想调查出来并不困难。
所以他与晓组织之间，没有任何转圜的余地。
另外，就算晓组织不找他的麻烦，他曾经设计陷害晓组织，导致晓组织险些覆灭的消息一旦传开，他必然会受到各方势力的责难。
大家会把晓组织针对五大忍村的敌意的由来，一股脑的推到他身上。
届时，别说他了，就连整个木叶，都有可能因为这件事，而承受其他村子不小的非议。
悔意在他脑中一闪而过，旋即，他冷下了脸，暗道：“我所做的一切，都是为了村子，我没错！错的是半藏，还有那些早就该去死的晓组织！”
大蛇丸的秘密实验室内。
“放开我，快放开我，我要杀光你们！”
一只被数道刻满了封印术式的铁链锁着的鬼，在实验室中大吼大叫着。
大蛇丸瞥了一眼鬼，然后低下头，饶有兴致的看着刚刚对鬼测试出来的各项数据。
草之国一战，他伪装成木叶的暗部，全程参与其中，所以对于鬼的强大，他有着深刻的认识。
这时，药师兜走了进来，推了推鼻梁上的镜框：“根部的人刚才来过了，询问您试验的进展，我把他们打发走了！”
大蛇丸点了下头，随后将手中的数据递给了药师兜。
药师兜看了一眼，旋即惊叹道：“这也太惊人了吧？这只怪物的血肉活性竟然比初代的细胞组织都要高？”
大蛇丸眼中冒着精光：“不错，这只怪物的细胞组织，简直就是一个宝藏！”
被锁在实验室里的那只鬼，感受着大蛇丸和药师兜那炽热的目光，身体一下子止不住的泛起了鸡皮疙瘩。
大蛇丸随后对药师兜问道：“纲手那边的进展如何了？”
无疑。
村子成功捕获了一只鬼，并且正交由纲手支持研究的事情，大蛇丸早就已经知道了。
药师兜笑道：“纲手大人目前还在收集各类毒物中，应该还没有取得什么关键性的进展吧！”
大蛇丸知道纲手研究的方向是如何针对鬼的高速再生，而他却并不准备这么做，他对怎么对付鬼没有丝毫兴趣，他只是想获得鬼那几乎不死的身体。
就在这时，又有一道身影走进了大蛇丸的实验室，然后来到大蛇丸面前行了一礼：“大蛇丸大人！”
大蛇丸上下打量着：“是君麻吕啊，你的身体怎么样了？”
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