2013年1月16日德甲豪门拜仁慕尼黑在其官网上宣布，前巴萨主教练瓜迪奥拉将从201314赛季正式担任球队主教练。
2013年7月21日瓜迪奥拉率领的拜仁慕尼黑队以五比一战胜门兴格拉德巴赫队，夺得冠军，捧得德国电信杯。2013年07月25日瓜迪奥拉率领拜仁20击败巴塞罗那，夺得赫内斯杯冠军。2013年08月03日瓜迪奥拉率队拜仁二比一战胜曼城获得奥迪杯冠军。2013年8月31日瓜迪奥拉率领拜仁与拉齐奥一百二十分钟战成二比二，比赛进入点球大战。在点球大战中，拜仁五罚全中夺得2013年的欧洲超级杯冠军。2013年12月22日瓜迪奥拉率领拜仁击败东道主卡萨布兰卡，夺得第十届世俱杯冠军。
可以说张卫和他都是这个赛季中最耀眼的教练，而相比之下他的战绩好像强于张卫，所以能不能过得去他这一关才是张卫面临的最大考验。
瓜迪奥拉主张防守压迫、利用球场宽度进攻、善用定位球等打法特点更加鲜明，从而让队伍变得更加灵活果敢，培养了团队精神。在比赛中全面的能力还能从战术变化上体现，球队可以顺畅地从343变阵为433，不论对手是谁。他也是个一丝不苟的教练，注重最微小的细节。瓜迪奥拉把刻苦精神和个人牺牲放在了首位，对球队的每一步都有着明确的计划，一切都要在掌握之中，在战术方面，力争做到完美无缺，瓜迪奥拉每场比赛前都认真研究录像，从不考虑下一场比赛之外的事。瓜迪奥拉是个聪明的激励者，让每个球员发挥出最佳实力。
同时瓜迪奥拉进取心强，而且拥有犀利的战术意识。在球场外他用清晰、明了的方式向球员传输自己的战术思想；在比赛过程中，他也能让球员精确执行自己的意图，简直就是张卫的另外一个版本，他们之间相比较真的有点太像了。
而拜仁慕尼黑的球员储备也要比马赛强了不知道多少倍，以前的巴塞罗那也许只有一群天才球员，可他们的身体素质并不出色，可现在的拜仁却有着完全不一样的东西，应该说这支球队当中并不缺乏技术天才，而且更多都是身体素质强大的天才，这一点已经远远的超越了巴萨。
他们的主力门将是诺伊尔，2001年3月1日诺伊尔加盟沙尔克04足球俱乐部，经历了沙尔克04每一年龄级别的赛事，2004年入选沙尔克04二队，2005年诺伊尔与沙尔克04签订了职业合同，并且在200506赛季的德甲参赛名单中位列第三号门将。他在200506赛季曾两次入选替补阵容，其余时间则主要代表二队参加德国足球高级联赛，200607赛季逐渐取代球队队长弗兰克罗斯特成为主力门将，罗斯特随后转投汉堡足球俱乐部。
2006年年初诺伊尔被评为盖尔森基兴市年度最佳运动员，此前还曾赢得过弗里茨瓦尔特奖。2006年8月19日200607赛季德甲第二轮客场对阵亚琛队，由于主力门将罗斯特小腿受伤，诺伊尔迎来个人职业比赛处子秀，帮助沙尔克04客场一比零胜亚琛队，从第十轮主场二比二战平拜仁慕尼黑一战开始，诺伊尔彻底取代罗斯特成为沙尔克04一号门将。
200607赛季有十三场比赛保持球门不失，扑救成功率高达百分之七十八点六，200607赛季诺伊尔随同沙尔克04获得德国足球甲级联赛亚军，诺伊尔以二点六一分成为kicker评分最高的球员，当选200607赛季德甲最佳门将。
200708赛季诺伊尔参加了德甲的全部三十四场比赛，并随队出征200708赛季欧洲冠军联赛。2008年3月5日200708赛季欧冠联赛八分之一决赛次回合，沙尔克客场挑战波尔图，诺伊尔化解了对方的多次射门，沙尔克在九十分钟内零比一不敌波尔图，双方总比分战成一比一，加时赛双方均无建树。点球大战上诺伊尔扑出对方两个点球，沙尔克四比一淘汰波尔图，挺进八强，沙尔克04创造了自参加欧冠以来的历史最佳成绩。
200809赛季诺伊尔由于在赛季前脚部骨折，休息了较长的一段时间，球队在欧洲联赛被及早淘汰，在德国杯也止步八强，这是诺伊尔在沙尔克04期间的最差成绩。
200910赛季诺伊尔再次保持全勤，打满全部德甲比赛，该赛季沙尔克04再次获得德甲亚军，这也是诺伊尔自己的第二个德甲亚军。2010年5月9日德甲第三十四轮沙尔克客场对阵美因茨，诺伊尔扑出包括一粒点球在内的多次射门，零封对手帮助球队战平从客场带回一分，成为本轮最佳球员，沙尔克04在获得200910赛季德甲联赛亚军的同时还成为200910赛季失球最少的最佳后防球队之一，整赛季失三十一球
201011赛季当德国杯决赛原沙尔克04队长海科韦斯特曼转投汉堡后，诺伊尔被主教练菲利克斯马加特任命为新任队长。2011年2月4日201011赛季德甲联赛第二十一轮，鲁尔德比战沙尔克04客场挑战多特蒙德，诺伊尔十次扑救零封多特，沙尔克04最终零比零逼平多特，客场带走一分。
2011年3月3日201011赛季德国杯半决赛，沙尔克04客场对阵拜仁，依靠上半场劳尔的头球和诺伊尔零封对手的表现，沙尔克一比零战胜拜仁，挺进德国杯决赛。
2011年4月20日沙尔克04宣布诺伊尔不打算在201112赛季结束后延长与俱乐部的现有合同，2011年4月27日欧冠半决赛对阵曼联，两回合沙尔克04以一比六的总比分不敌曼联，止步欧冠半决赛。
2011年5月22日，德国杯决赛沙尔克04在德国柏林五比零大胜杜伊斯堡，夺得沙尔克04历史上的第五个德国杯冠军，也是诺伊尔以队长身份首次捧起自己在沙尔克04正式出道五个赛季以来的首个冠军杯。
201011赛季，诺伊尔被德甲球员和德国权威踢球者评委会选为201011赛季德甲最佳门将。