蚩尤氏生于东方，身俱妖族血统，统一了妖族后裔共七十二个国家，也学会了也贴炼金，祭养法宝，共十余万人类，并百万各类禽鸟妖族，开始了席卷天下的攻势。
这二十多万年来，东方诸国虽然越来越趋近于人类，到底还有妖族血统，更是帝俊的嫡传后裔，蚩尤这次西进，本质上来说，也是帝俊跟昊天赌局的最后决战。
各大妖神、妖帅、妖圣，以及凤凰、白鹤、青鸾、玄鸟、黄鸟等等，全部出击，襄助蚩尤以及七十二国妖王，以席卷天地之势攻向中原！
黄帝当时正在努力治理天下，陈昊元派了广成子下界辅佐他，是为第三代天师。
得知蚩尤来攻，皇帝立刻组织军队进行反击，调集各国大巫齐集一堂，又有天界、女娲等方面派来的神兵助战。
双方在大河南北两岸的平原上展开激战，东方部落有妖族血统，许多身上长满鳞片，或是头生双角，身体强悍无比，刀枪不入，水火难侵，手持长大千余丈的铜锤木叉，并排冲锋，人族体型比他们矮小瘦弱，抵挡不住，双方斗法，风来雨去，火焰沸腾，鏖战之下，黄帝一方抵挡不住，只能无奈向后败退。
黄帝连战连败，很快蚩尤又开始做法，无数飞鸟吐水喷雾，释放出浓浓的大雾，将苍天遮盖，将大地掩埋，黄帝数万大军在雾气中找不到北，最后他利用南北阴阳元磁真气制造指南车，才走出雾气边缘，发现自己已经到了东海岸边。
恰好海上飘来一座流波山，黄帝率众登山，用轩辕剑杀死山上的夔牛，利用它的皮做成战鼓，轻轻一锤，五百里范围之内，天地皆震。
他靠着指南车和夔牛鼓走出雾阵，整兵再战，陈昊元又令九天玄女下界助战。
九天玄女是东方震木精气和西方兑金精气随着天道运行相互交媾所生，诞生于天壤之间，被陈昊元认作女儿。
九天玄女下界，传授黄帝太乙、六壬、奇门三式之法，尤其是最后一式奇门遁甲，正是用来打仗的，跟随九天玄女下界的，还有天界斩龙，应龙，长着翅膀的纯血真龙，论起辈分是敖宸的侄子，被陈昊元养在七宝玄苑里妆点仙景，他偷吃许多蟠桃，长出翅膀，陈昊元就罚他下界。
黄帝将自己剩下的兵力全部集结到一起，在涿鹿跟蚩尤展开最后的决战！
蚩尤身边的飞廉、计蒙，俱是昔年帝俊麾下十大妖帅之一，早被派来襄助蚩尤，做风伯、雨师，开战之处，就掀起怒吹十万里的飓风，连续滂沱三个月的大雨，各路妖兽顺风顺水，在疾风暴雨中攻向黄帝一方。
黄帝这边，派出自己的女儿，女魃出手，她这女儿天生异禀，只要她所在的地方，必定干旱，万里无雨，她在此基础上修炼法术，专能止雨祛湿。
当即女魃在站车上施法，天地很快由阴转晴，风雨皆住，应龙控水反攻回去，双方都豁出命来血拼，黄帝除了自己的轩辕剑，另在广成子指点下，练了一套轩辕九宫剑，祭在空中，金光剑气爆射如雨，所过之处，对方人妖俱碎！