然而此时先期出逃的海盗船已经将逃生航道塞得满满当当，这些船当中绝大部分也都因为出逃期间所受的炮击而导致不同程度的损伤，很难再保持完美的航行状态，一大堆破船挤在相对狭窄的水道上，船速自然就快不起来了。尽管郑芝虎是带兵的大头领，但他此时连旗号都不敢在船上打出来，唯恐因此而引起了对手的关注，虽然心中焦急，但也只能跟着大队伍慢慢往前蹭。
此时赶到码头的海汉民团已经基本结束了战斗，开始接管港口地区，并且对俘获的十几艘没有来得及出逃的海盗船清理搜查。被遗留在港口的数百名海盗并没有给民团带来太多的麻烦，绝大多数人甚至连像样的抵抗都没有，就选择了投降保命——因为他们都听到海汉士兵在很远的地方就用喇叭在反复呼喊着“放下武器，投降不杀”的口号，而这个时候再继续选择战斗的方式来对头目尽忠，似乎也没什么实际意义了。保住自己的性命，不在大势已去的情况下继续作出无谓的牺牲，这才是一个心智正常的人应该作出的选择。
而最终没能离岸出逃的海盗船，占了这次来袭船队总数的大约五分之一。这些船没能出逃的原因除了船体受损或者是水手们没及时登船之外，其中大部分是因为根本还没来得及把补给物资装上船，就算侥幸逃出去，船上的人也会在一两天之后就陷入缺水缺食的困境中。而被遗留在港口的最后一批海盗中大部分人都是有伤在身，这样的出逃几乎无异于自杀，倒不如留下来向海汉投降，或许还有存活的机会。
极个别试图要凭借个人武勇作垂死挣扎的海盗，在火枪与刺刀的镇压之下也迅速溃败。在成建制的职业军队面前，个人武勇所能发挥的作用极其有限，而且带兵的高桥南对于抵抗者的态度一向都很坚决——战场上凡拒不投降者，无需请示或警告即可立毙。于是每一个冲出来想要做最后一搏的亡命徒，所得到的都是步调一致的排枪射击和随之而来的近身补刀。
被杀死的抵抗者会立刻拖到码头上，向那些已经选择了投降的海盗们展示，以此来告诫他们不要再妄动别的心思，否则这些负隅顽抗者的尸体就将是他们的下场。而这种震慑手段的确也起到了极好的效果，海盗们在看到同伴的尸体之后明显老实了许多，乖乖地照着海汉士兵的指挥在码头空地上双手抱头蹲成一列一列。而数名拿着麻绳的士兵则不断地将海盗们的双手扭到身后，然后用绳索将其双手捆住。在这个过程中士兵也会顺便进行简单的搜身，将海盗们身上暗藏的匕首和其他物品搜出来扔到一旁集中处理。
对于接受俘虏的处理，这支来自安南的部队也算是熟门熟路了。当初在安南内战后期，这支部队在安南南部各地所接受的俘虏往往都是数以千计，该如何管理这些战俘，可以说已经有了一套比较成型的手段和制度。要收押南日岛上的这些海盗，也只需照葫芦画瓢就行了。
当然了，高桥南也没有忘记让炮兵们立刻清理岸边由海盗所架设的炮台，并且将火药集中到一起准备另行处理。这种高危物品就这么随意敞放在码头上的确是一个安全隐患，要是有想不开的海盗拿着火折子冲过去扮演人体炸弹，那乐子可就大了。
钱天敦此时才和明军代表许甲齐一起抵达港口。许甲齐看到码头上蹲伏着的海盗俘虏，一方面惊叹于海汉民团作战效率能够在如此之短的时间内就拿下了港口，另一方面也暗暗有些后悔，早知道这些海盗已经无心抵抗，就应该自己带兵来拣这个功劳才对。虽然福建官方在战后的论功行赏中不会漏了他这份，但“坐镇指挥”跟“亲自上阵杀敌”在兵部大佬的心目中还是会有微妙的区别，这也有可能会间接影响到他今后的仕途升迁。
“抓到郑芝虎了吗？”钱天敦见到高桥南之后第一件事便是询问郑芝虎的下落。这次交手的胜负结果已经没有太大的悬念，钱天敦目前更看重的是能够取得多大的战果，是否能俘获十八芝的大头目之一，郑芝龙的亲胞弟郑芝虎，这个象征意义要远远大于俘获数百名残兵败将和十几艘总吨位不到千吨的海盗船。
“报告大人，据俘虏交代，郑芝虎已经登船出海逃跑，不过从时间上看，他的船应该还没逃出我军的包围圈。”高桥南连忙答道。
钱天敦看了看远处海面上乱成一锅粥的海盗船队，点点头道：“立刻向谢立通报情况，让他盯紧点！郑芝虎不论死活，都要留在南日岛！”
许甲齐十分羡慕地看着高桥南拿着一个黑色小匣子，向数里外海上的同僚通报战况。这种拥有千里传音功效的小匣子，很多福建明军的高级军官都不止一次见到过，许心素在前些日子也曾许以重金向海汉代表宁崎求购，不过并没能获得肯定的答复。宁崎也把话说得很明白，不是价格的问题，只是这玩意儿根本就不在海汉的出售清单上，也不会接受任何人的出价。许心素虽然有些失望，但同时也安了心——自己花钱买不到的东西，别人也同样买不到，而唯一拥有这种神器的海汉人，恰好又是自己的盟友。
而类似如此的奇妙工具，海汉人手里还有许多，功用各有不同，其中绝大多数都是用于航海和军事领域。而真正见识过海汉这些手段的人，都很难再生出与其对抗的念头。就算是现在已经掌握一省军权的许心素，私底下也时常会感叹幸好当年与海汉达成了合作同盟的关系。
当事的另一方郑芝虎，此时正提心吊胆地驶入到外海，然而这里的状况并没有比港湾内好到哪里去，几十艘大明水师的战船在外围撒开了大网，想要脱身仍然并非易事。
郑芝虎的座船被打断了主桅杆，行进速度十分缓慢，想要冲出去显然难度极大。他便立刻下令临近的一艘船况较好的海盗船靠过来，然后换乘过去。
然而这次的换乘反而引起了附近明军战船的注意，隶属于水师编制的一艘海汉产战船立刻调转炮口对这艘船进行了炮击。郑芝虎也的确是倒霉，刚上船还没提速，就遭受了一轮炮击，一颗炮弹好死不死地击中了船艉的舵桨部位，顿时就让这艘船丧失了大部分的转向能力。
当郑芝虎召唤了第三艘船，打算再一次换乘的时候，已经察觉到状况不对的水师也同样召唤了同伴增援，开始对这艘船展开集火打击。而原本要驶过来搭救郑芝虎的海盗船，见势不妙也放弃了尝试，在距离不到二十丈的时候选择了转向逃离。
“这个该死的家伙！回到澎湖之后老子一定要治你的罪！”郑芝虎见那艘船事到临头居然选择了调头逃跑，也是气得跳脚不已。只是在叫骂的同时他也已经意识到，自己或许很难有机会安然回到澎湖了。
“船上的人听着，你们已落入福建水师包围，立刻无条件缴械投降！”福建水师战船上喊话的内容和所用的铁皮喇叭都是照搬自海汉海军，而这种安排也是水师参将许裕拙的意思——他认为海汉海军的这种做法很有霸气，值得福建水师进行效仿。
不过船上的海盗显然并不打算接受福建水师的劝告，海盗们用大声喝骂和几发零星的火枪射击作为了答复。这样作死的行为当然也不会得到福建水师的原谅，于是在大约三十米的距离上又对其进行了两轮炮击，这也让船上的海盗们总算是安静了下来。